Onstaan van de school Op 23 april 1990 is De Boei gestart in een aantal lokalen van de toenmalige Petraschool als LOM-school met een afdeling voor Voortgezet Speciaal Onderwijs. In 1991 werd een nieuw schoolgebouw in gebruik genomen aan het Salland in de wijk Baggelhuizen.
Vanaf 1998 werd De Boei school voor speciaal basis- en voortgezet onderwijs. Dit impliceerde dat De Boei naast LOM- ook MLK-leerlingen ging opvangen. Er werd een samenwerkings-overeenkomst met het openbaar onderwijs in Assen afgesloten aangaande de opvang van Jonge Risico Kinderen.
Fusie Conform het beleid vanuit het ministerie is de voortgezette afdeling van De Boei op 1 augustus 2001 gefuseerd met de Christelijke Scholengemeenschap Vincent van Gogh. Omdat de CSG Vincent van Gogh in haar uitbreiding graag het gebouw van De Boei wilde betrekken, verhuisde de Boei in 2002 naar een tijdelijke huisvesting, nl. schoolwoningen aan de Uranusstraat in de wijk Kloosterveen. | | 
Nieuw gebouw Op 7 november 2005 is een nieuw gebouw in gebruik genomen aan de Wethouder Bergerweg in de wijk Pittelo te Assen. |